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Im dritten Jahr der Klon-Kriege ist es der Republik gelungen, die meisten der Separatisten in die Randgebiete der Galaxis zu vertreiben. Auf Cato Neimoidia, Heimat von Vizekönig Nute Gunray der
Handelsförderation, tobt eine Schlacht. Die Jedi-Ritter Obi-Wan Kenobi, der mittlerweile in den Rat der Jedi berufen wurde, und Anakin Skywalker, der nicht länger Obi-Wans Padawan ist, wollen um jeden Preis Gunray
lebend in seiner Festung gefangen nehmen. Als Gunray jedoch in letzter Sekunde fliehen kann vergißt er in der Eile seinen laufenden Mechno-Stuhl. Kurz darauf entdecken die Jedi diesen Stuhl und finden einen
Transmitter und ein Aufzeichnungsgerät, in dem sie eine Nachricht von Darth Sidious finden. Nach der Erwähnung Sidious' durch Count Dooku auf Geonosis ist dies das erste Mal, daß die Jedi erfahren, daß es Darth
Sidious tatsächlich gibt. Auch Yoda eilt nach Cato Neimoidia, um sich den Fund selber anzusehen. In einem Gespräch mit Obi-Wan erklärt Yoda, daß Count Dooku früher mit dem Jedi Sifo-Dyas befreundet war und daß
Sifo-Dyas tatsächlich die Klone auf Kamino für die Republik bestellt hat. Als zur Zeit der Belagerung von Naboo der erste Sith auf der Bildfläche erschienen ist, hat Count Dooku den Jedi-Orden verlassen, da er sich
schon immer für die Sith und ihre Geschichte interessiert hat. Yoda ist der Überzeugung, daß die Kloner auf Kamino weder Sifo-Dyas noch Lord Tyranus, den er für Dooku hält, jemals zu Gesicht bekommen haben. Er
glaubt auch, daß Sifo-Dyas von Dooku ermordert wurde. Außerdem konnte von Jocasta Nu im Jedi-Tempel nachgewiesen werden, daß es Dooku war, der Kamino aus den Archiven gelöscht hat.
Während die Senatoren Bail
Organa, Padmé Amidala und andere Mitglieder der Loyalisten auf Coruscant versuchen, einen Termin bei Kanzler Palpatine zu bekommen treffen sich Nute Gunray und andere Führer der verschiedenen Gruppen, aus denen sich
die Separatisten zusammensetzen, auf einem Schiff im Outer Rim mit General Grievous. Der Führer der Armee der Separatisten verspricht ihnen, einen neuen Planeten für ihre Zuflucht zu finden.
Als Obi-Wan und
Anakin auf der Suche nach den Herstellern des Mechno-Stuhls sind, weil sie hoffen so Hinweise auf die Identität von Darth Sidious zu erlangen, gelingt es dem Geheimdienst der Republik den Übertragungscode des Stuhls
zu entschlüsseln und eine Übertragung von General Grievous an Nute Gunray abzufangen. In dieser Übertragung erfahren sie, daß die Zuflucht, die Grievous ausgesucht hat, der Planet Belderone ist. Sofort wird eine
Flotte nach Belderone entsandt, um den Planeten zu schützen.
Auf Coruscant treffen sich Darth Sidious, dessen Sith Meister einst Darth Plagueis war, und Count Dooku, der nach der Ermordung von Sifo-Dyas von
Sidious den Namen Darth Tyranus erhalten hat. Die Niederlage von Belderone läßt beide sofort erkennen, daß die Republik den Mechno-Stuhl von Gunray gefunden hat und in der Lage war, den Code zu entschlüsseln.
Außerdem gesteht Dooku, daß Obi-Wan und Anakin bei ihrer Suche nach der Herkunft des Stuhles einige Erfolge aufweisen konnten. Sidious ist über diese Entwicklung nicht sehr glücklich, aber auch nicht beunruhigt,
denn immer noch scheint alles nach seinem Plan zu verlaufen.
Obi-Wan und Anakin haben in der Zwischenzeit eine Spur gefunden, die nach Coruscant führt, in ein Industriegebiet mit dem Namen The Works.
Mace Windu macht sich sofort mit einem Kommando auf die Suche nach dem beschriebenen Gebäude und bald werden sie fündig. Überrascht stellen sie fest, daß unterirdische Tunnel aus diesem Gebäude direkt in den
Senatsdistrikt und unter ein Wohnhaus, in dem viele Senatoren der Republik leben, führen.
Als die Jedi erfahren, daß die Separatisten die Welt Tythe überfallen haben und sich Dooku dort aufhält, wird eine
Streitmacht unter der Leitung von Obi-Wan und Anakin dorthin geschickt. Auf Coruscant sind Mace und weitere Jedi immer noch auf der Suche nach einer Spur, die sie zu Darth Sidious führen könnte, als es plötzlich zu
einem Angriff auf den Hauptplaneten der Galaxis kommt. Während die Senatoren bereits evakuiert werden wollen die Jedi hauptsächlich Kanzler Palpatine in Sicherheit bringen. Als Yoda im Jedi-Tempel das erste Mal die
Anwesenheit von Sidious auf Coruscant spüren kann, trifft Captain Tyne des Suchkommandos in den Tunneln tatsächlich auf den Sith. Er erkennt sofort, wen er vor sich hat und findet die Bestätigung, daß die Sith
wirklich die höchsten Ränge der Regierung unterwandert haben. Er kann jedoch niemandem von seiner Entdeckung berichten, da er von Sidious getötet wird.
Endlich finden die Jedi Palpatine in seinen
Privatgemächern. Zuerst weigert er sich, mit den Jedi zu gehen, doch als es zu einem direkten Angriff von General Grievous kommt, geht Palpatine freiwillig mit.
Auf Tythe entkommt Dooku Obi-Wan und Anakin,
die kurz darauf von dem Angriff auf Coruscant erfahren. Sofort machen sie sich in ihren Jägern auf den Weg, um an der Schlacht teilzuhaben. Mace Windu hat Palpatine und sein Gefolge zwischenzeitlich in einen
Hochgeschwindigkeitszug verfrachtet, der sie zu den sicheren Bunkern des Senatsgebäudes bringen soll. Doch erneut kommt es zu einem Angriff von General Grievous, dem es schließlich gelingt, Palpatine zu entführen.
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